Успішне функціонування Православної Церкви в Речі Посполитій значною мірою залежало від особи, яка керувала цією Церквою. У 1633 —1б47 роках такою особою був митрополит Петро Могила — людина амбітна і до того ж талановита, роки понтифікату, якого майже повністю збігалися з роками правління Владислава IV.
Петро Могила народився 21 грудня 1596 року. Він був сином молдавського господаря Симона, який отримав польський шляхетський титул. Петро здобув дуже добру освіту, не тільки православну релігійну, а й загальну гуманітарну. Однак невідомо, де він здобував цю освіту. Можливо, в школі ставропігійного львівського братства або відвідував Академію в Замості. Є відомості, що він навіть навчався в Західній Європі.
Після смерті в 1607 році Симона Могили, його дружина і сини залишили Молдавію, шукаючи притулку в Польщі, де після завершення своєї освіти залишився Петро. Приблизно в 1617 році він потрапив до двору Станіслава Жолкевського. Придбав маєток у Бельському воєводстві, поблизу Жовкви. Будучи одним з претендентів на молдавське господарство, він був разом з Каролем Ходкевичем під час боїв під Хотином в 1621 році. По поверненні з цього походу він переїхав ближче до Києва, де спершу купив маєток Рубежівка, потім — Мухоїди, Опачиці. Перебуваючи в Рубежівці, часто відвідував Київ, де зав’язав близькі стосунки з тогочасним православним митрополитом Іовом Борецьким.
Близько 1627 року Могила був втягнутий у проблеми примирення православних з уніатами. Цьому сприяли родинні традиції родини Могили. Як батько, так і дядьки Петра не були ворогами католицизму: брат Симона Могили, сучавський митрополит Юрій, погодився навіть на приїзд до Молдавії францисканців та ієзуїтів. Могили, прагнучи звільнити молдавську Церкву від патронату константинопольського патріарха, який служив Туреччині, проявляли інтерес до проектів унії Православної Церкви з Католицьким Костелом. Тому влада Речі Посполитої могла сподіватися, що і Петро Могила піде таким самим шляхом. Тому і підтримала в 1627 році його кандидатуру на посаду архімандрита Печерської Лаври по смерті Захарія Копистенського. На той час у Православній Церкві Речі Посполитої це була найбільш хлібна посада, з якою не могла зрівнятися навіть посада православного митрополита. На відміну від більшості тогочасних православних єпископів, печерський архімандрит міг розпоряджатися маєтком, який належав йому, як архімандриту, і при цьому виконував свої фукції легально, за згодою короля. Крім цього, з моменту підписання Берестейської унії Лавра стала незалежною від київського митрополита, а її керівник (архімандрит) підкорявся лише патріарху.
Петро Могила був обраний архімандритом завдяки підтримці київського воєводи Томаша Замойського. 29 листопада 1627 року нового керівника Печерського монастиря затвердив король. Уже у вересні того ж року, ще як світська особа, Могила брав участь у проведеній у Києві зустрічі митрополита Борецького з архієпископом полоцьким Мелетієм Смотрицьким, котрий, затаївши свій перехід на сторону уніатів, розпочав дії з метою об’єднання православних з уніатами. На прохання Смотрицького Печерський архімандрит організував чергову зустріч православних ієрархів навесні 1628 року в Грудку на Волині, який належав Лаврі. Тоді було вирішено провести в Києві синод з метою можливого порозуміння з уніатами. Для пропаганди цієї справи серед православних була використана підготовлена Смотрицьким «Антологія паломництва до східних країн...». Автор обіцяв після написання представити цю брошуру Борецькому і Могилі на затвердження. Проте Смотрицький написав свою «Антологію» не так, як сподівалися її рецензенти. Ані Борецький, ані Могила не могли наважитися на схвалення книжки, яка атакує православних. Це, однак, не перешкодило проведенню запланованого синоду, який зібрався в київській Лаврі в серпні 1628 року. Синод зайнявся не питанням порозуміння з уніатами, а критикою «Антології». Згідно зі спогадами Смотрицького, власне Могила був тим, хто найсуворіше звинуватив його в зраді православ’я. Печерський архімандрит зробив це, напевно, не без причини. Уже сам факт, що цю посаду він прийняв проти волі законників, за згодою польської влади, спричинило те, що Могила в першу чергу міг бути оскаржений у відступі від православ’я. Зрештою, сам Смотрицький припускав, що Борецький і Могила відмовилися від намірів порозумітися з уніатами через страх перед православною шляхтою і козаками.
По суті, Печерський архімандрит не відкидав пропозиції православно-уніатської угоди. Однак йому важливо було те, щоб на таке порозуміння погодилась православна спільнота, а зокрема — шляхта і козаки. Великі надії покладав на Могилу уніатський митрополит Вельямін Рутський. Весною 1629 року, розраховуючи на швидке укладання угоди з православними, він (у меморандумі до папського нунція) висунув ідею створення на Русі окремого патріархату і пропонував довірити посаду патріарха Печерському архімандриту. Навіть почалися приготування до спільного, уніатсько-православного синоду у Львові, скликаного королівським універсалом на жовтень 1629 року. Могила висловив тоді підтримку ініціативі Сигизмунда III. Ще в серпні, на православному синоді у Києві, він висловився за участь у львівському синоді і навіть наполягав на прийнятті рішення в цьому дусі. Уступив лише під тиском опозиційної більшості духовенства, передусім під тиском козаків, котрі пригрозили йому смертю, якщо він не змінить своєї думки. Проте Могила не полишив планів порозуміння з уніатами. Уже після закінчення синоду він узяв участь у розмовах Борецького з Киселем (тогочасним уніатом і королівським послом на синод) на тему подальших кроків для з’єднання. За словами Киселя, Могила і Борецький пропонували, щоб спільний синод був скликаний на підставі рішення сейму, і щоб участь у ньому брали лише уніати і православні. Зі слів Киселя можна зробити висновок, що Печерський архімандрит погоджувався на об’єднання обох Церков, уніатської і православної, але ціною самостійності та незалежності від Риму. Це фактично означало б ліквідацію унії і повернення до стану справ 1596 року.
З огляду на те, що проект порозуміння з уніатами був серед православних непопулярним, Могила вирішив відкласти це питання і сконцентрувався на внутрішньому зміцненні Церкви та піднесенні її авторитету серед населення Речі Посполитої. При оказії він дбав також і про піднесення свого власного авторитету в Церкві. Користуючись довірою митрополита Борецького, він почав інколи його заміщати. Наприклад, від імені митрополита їздив до Львова, щоб освятити там братську церкву, при нагоді подбати про настрої, позитивні для православ’я в сусідній перемиській парафії, позбавленій православного єпископа.
Щоб протидіяти переходу православної шляхти до католицизму, Петро Могила вирішив відкрити школу нового типу. Православні мали вже школи, які відкривалися у великих містах церковними братствами. Такі школи існували у Львові, Вільно, Луцьку та Києві. Попри те, що ці школи значною мірою поширювали обсяг знань своїх вихованців, вони не готували їх належним чином до життя в тогочасних умовах, тому що, незважаючи на широкий спектр навчальних дисциплін, які там викладалися, відомості ці носили фрагментарний характер, не були систематизовані. На особливо низькому рівні була латина, знання якої вважалося в ті часи обов’язковою рисою освіченої людини. Православні школи не могли рівнятися з і єзуїтськими колегіями, які славилися величезною ерудицією, науковими формами викладання і неординарними педагогами. Тому православна шляхта, не задовольняючись навчанням у власних школах, все частіше посилала своїх дітей до католицьких шкіл, де навчання велося латинською мовою. Православні, що вчилися в католицьких колегіях, самі потім переходили у католицизм. Щоб цьому запобігти, Могила вирішив створити школу, яка б зберегла свій православний характер і при цьому відповідала б рівню найкращих тогочасних і єзуїтських колегій. У Києві вже існувала братська школа, тому архімандрит хотів відкрити нову школу у себе, в Лаврі. Однак ці плани зустріли несхвалення митрополита Борецького, хоча в усіх інших сферах обидва ієрархи між собою ладили. Борецький, напевно, побоювався, що печерська школа значно послабить значення вже існуючої братської школи. Тому за життя митрополита школа в Лаврі не була відкрита. Навіть у своєму заповіті Борецький застеріг, що будь-які освітні установи в Києві, крім братської школи, не повинні існувати.
Смерть Борецького в березні 1631 р. відкрила перед Петром Могилою нові перспективи для реалізації його планів. Амбітний архімандрит мав тепер шанс стати митрополитом. Все йшло до того. Покійний митрополит призначив Могилу головним опікуном свого маєтку, а також довірив опіку над резиденцією митрополита — монастирем св. Михаїла. Підтримали Могилу і члени київського церковного братства, обираючи його своїм головою. Кандидатура Могили на місце Борецького могла навіть отримати і схвалення польської влади. Сигизмунд III наказав київському воєводі Янушу Тишкевичу проконтролювати, щоб на посаду митрополита була обрана достойна особа. Тією особою міг бути лише Могила, якого влада Речі Посполитої визнала як архімандрита. Він відзначався лояльністю, і навіть міг втілити надії на об’єднання православних з уніатською Церквою. Але власне всі ці якості сина молдавського господаря зіграли свою негативну роль: його не обрали православним митрополитом. У Києві все ще велику вагу мала шляхта і козаки. А Могила, з огляду на своє прихильне ставлення до унії, не мав популярності ані серед перших, ані серед других. Тому-то проти волі воєводи, і незважаючи на думку короля, митрополитом обрали Копинського, непохитного ворога унії.
Стосунки між архімандритом і новим митрополитом з першої хвилини не склалися. Яблуком розбрату став монастир св. Михаїла. Могила, як визначений заповітом Борецького опікун монастиря, призначив ігуменом свого заступника у Лаврі — Кізаревича. Але на монастир мав свої плани і Копинський, який хотів влаштувати там свою резиденцію, бо до цього часу, як смоленський і чернігівський єпископи, він не мав жодної резиденції у Києві. Печерський архімандрит не прагнув полегшувати своєму конкурентові виконання ним функцій митрополита, тому і не відкликав з Михайлівського монастиря Кізаревича. Але Копинський мав сильних союзників — козаків. Прибуття їх до Києва примусило Кізаревича залишити монастир і повернутися до Лаври. Отже, Могила мусив погодитися з існуванням нового митрополита в Києві. Навіть стосунки між ними тимчасово покращилися. Печерський архімандрит зайнявся організацією своєї школи. Тепер для цього було більше можливостей, тому що Борецького — основного противника нової школи — вже не було, а на Копинського Могила не зважав. Він не мав наміру рахуватися і з інтересами київського братства, яким керував і школи, якого обіцяв бути опікуном. У червні 1631 року Могила поїхав до Львова шукати вчителів для своєї школи, яких знайшов у місцевій братській школі, найкращій тогочасній школі Речі Посполитої. У той час вчителями там працювали Ісаак Трохимович Козловський і Сильвестр Коссов. Власне їх і вибрав Печерський архімандрит, обіцяючи дати вчителям платню зі своїх приватних коштів.
Могилу не задовольняли кадри лише з братських шкіл. Він думав про те, щоб підготувати педагогів, котрі могли б стати на рівні західних шкіл. З цією метою він на власний кошт послав до Європи кілька молодих людей, серед яких був і Інокентій Гізель, законник Печерської Лаври, в майбутньому — вчитель Могилянської школи.
Після того, як були зібрані вчителі, архімандрит зайнявся приготуванням приміщень для нової школи. При нагоді підкреслював, що то власне він є найголовнішою особою серед православних у Києві. Він хотів розташувати свою школу в монастирі Св. Троїці, який був поруч із Лаврою. Архімандрит зажадав, щоби троїцький ігумен перебрався із своїми монахами в інше місце. Замість того, щоб переселяти монахів, Могила міг би свою школу розмістити десь в іншому місці. Але він уперто стояв на тому, аби вона була в монастирі Св. Троїці. Коли ж монахи і особливо ігумен не хотіли погодитися на перехід, Петро Могила наказав зайняти монастир силою. Дійшло до побиття та пограбування ігумена, якого було позбавлено посади. Стараннями Могили до монастиря Св. Троїці призначено нового ігумена, котрий слухняно погодився на перенесення монастиря в інше місце. Проте архімандрит усвідомлював, що дозволив собі забагато, тому, випереджаючи можливі протести своїх противників, постарався отримати згоду на відкриття нової школи від Константинопольського патріарха Кирила Лукариса. Після отримання схвалення патріарха Могила в листопаді 1631 року заявив, що патріарх дозволив йому організувати нову школу саме в монастирі Св. Троїці і що він це зробив зі згоди всіх православних польських єпископів та на прохання всіх православних Речі Посполитої. Однак ця декларація нічим не допомогла Могилі. На звістку про захоплення Троїцького монастиря у Києві завирувало. Зараз після відкриття школи козаки, підбурені братством і вигнаними монахами, спільно з місцевими жителями напали на колегію, погрожуючи смертю Могилі і вчителям. Це примусило архімандрита піти на компроміс з богоявленським братством, яке відігравало у Києві значну роль. До нього належала довколишня шляхта, а також представники духовенства і міщан. 9 січня 1632 року Могила уклав угоду із світськими членами братства: зобов’язався поєднати свою колегію з братською школою, до якої мали перейти найняті ним учителі. Проте зробив він це небезкорисливо. Взамін за поступку йому була довірена опіка над братством, його школою та маєтком. Цю угоду підтвердив митрополит 15 січня. Через два місяці до неї приєдналися і козаки. З цього конфлікту Печерський архімандрит вийшов переможцем і навіть зміцнив своє становище. З цього часу він міг розраховувати на підтримку шляхти. Проти нього перестали виступати і козаки. Крім того, була ліквідована конкуруюча шкільна установа, тому що, незважаючи на те, що нова школа мала би бути продовженням братської школи, однак вчителів до неї обирав Могила. Тому стара братська школа фактично перестала існувати, натомість Могилянська колегія змінила лише своє місце, переходячи з монастиря Св. Троїці до братського монастиря Богоявлення. Крім того, з цього часу засновник колегії мав право отримувати кошти на її утримання не тільки з власних фондів та фондів Лаври, а й з коштів братства.
Архімандрит не поспішав з перенесенням своєї школи. Весь шкільний 1631/1632 рік заняття відбувалися ще в Троїцькому монастирі, при Лаврі. Переїзд стався лише під час літніх канікул. Колегія дуже відрізнялася від братської школи. Це була передусім латинська школа, що особливо не подобалося православним киянам. Уже на першому році навчання в Могилянській школі викладали філософію, риторику і поетику, тобто предмети, характерні для тогочасних західних шкіл.
Нове поле діяльності відкрилося перед Могилою після смерті Сигизмунда III в квітні 1632 року. В період безкоролів’я Печерський архімандрит узяв участь у заходах православних по наділенню їх рівними правами з іншими конфесіями. Він особисто звертався з проханням про підтримку для цієї справи до протестанта Христофора Радзівілла. Використовуючи родинні зв’язки з Вишневецьким, намагався схилити могутнього магната князя Ярему, сина своєї двоюрідної сестри, який все більше симпатизував католицизмові, до вірності православній вірі. У цей період Могилі вдалося отримати довіру митрополита, який навіть призначив Печерського архімандрита головою делегації православного духовенства на конвокаційний сейм. Могила був присутній на засіданні комісії з розгляду скарг і претензій представників обох руських Церков: православної і уніатської. Керівник Православної Церкви в Речі Посполитій не був задоволений запропонованими комісією пропозиціями урегулювання, тому після закінчення сейму розіслав у воєводства, в яких проживала православна шляхта, листи з порадою, щоб на умови, вміщені в проекті, не погоджуватись, і щоб усі православні особисто прибули на наступний елекційний сейм з вимогами повного задоволення їх релігії. Сам він на цьому сеймі теж був присутній.
Високе становище Петра Могили в церковній ієрархії, при цьому затверджене владою Речі Посполитої, безпосередні контакти на сеймах (конвокаційному та елекційному) з представниками православної шляхти, а також його власна активність, проявлена в період безкоролів’я, спричинили те, що Печерського архімандрита було обрано православним митрополитом. Якщо Копинський не мав шансів отримати визнання від польської влади, то власне син молдавського господаря найкраще підходив для того, щоб зайняти його місце. Вибори нового митрополита відбулися 3 листопада 1632 року, через два дні після затвердження проекту відновлення легальної православної ієрархії. Вибори провів королевич Владислав. Під актом виборів підписалося 49 православних громадян. Незважаючи на те, що вибори проводилися і від імені православного духовенства, жоден священик не поставив підпису під цим документом. Духовенство, мабуть, відчувало провину перед відсутнім у Варшаві митрополитом Копинським. Проте ніхто з присутніх у Варшаві священиків не заявив протесту. А сам архімандрит робив усе, щоб зміцнити свою позицію.
Для збереження вигляду про демократичний характер виборів, крім Могили, на посаду митрополита було висунуто і вінницького підстаросту Михайла Лозку. Однак виборцям залежало передусім на Печерському архімандриті, тому Могилі поставили умову, за якою майбутній митрополит залишився керувати Лаврою. Таким чином, було вирішено цю справу. Обидві кандидатури представили королевичу, який обрав архімандрита. 12 листопада 1632 року Владислав надіслав довірчі листи послам, що їхали до Константинопольського патріарха у справі благословення нового митрополита. Цю місію Могила доручив своїй довіреній особі та сповіднику Ісайї Козловському, вчителю і першому ректору Київської колегії.
Послані архімандритом посли встигли повернутися до того, як у лютому 1633 року в Кракові зібрався коронаційний сейм. Вони привезли письмову згоду патріарха Кирила Лукариса на те, щоб митрополитом київським і патріаршим екзархом став Петро Могила. Одночасно патріарх позбавив посади митрополита Ісайю Копинського. Наступнику Копинського тепер залишилося лише отримати від короля письмове призначення. Для цього Могила особисто прибув на коронаційний сейм. Усі його дії увінчалися успіхом. 12 березня Владислав IV вручив Могилі привілей, який затверджував його одночасно на посаді православного митрополита Київського та архімандрита Печерського. Могилі замало було лише титулу, він прагнув зміцнити своє становище у Києві. Король пішов назустріч прагненням митрополита і віддав під його безпосереднє керівництво київський монастир св. Миколая і храм св. Софії. Миколаївський монастир ще з XVI ст. був під юрисдикцією печерських архімандритів. До Петра Могили ця залежність була вже втрачена. Отже, він скористався прихильністю нового короля і відновив давні права Печерського архімандрита. Не пройшло повз увагу нового митрополита і те, що монастир св. Миколая мав значний маєток.
Якщо наміри Петра Могили щодо Миколаївського монастиря могли не знайти розуміння серед православних Києва, то звістка про передачу їм кафедрального храму св. Софії, до того часу уніатського, не могла не викликати загального ентузіазму. Повернення цієї святині могло стати реальним свідоцтвом покращання ситуації православ’я в Речі Посполитій, до чого доклав зусилля і митрополит Петро Могила. Для нього самого важливим був той факт, що разом з поверненням цієї святині з рук уніатів він ставав одночасно і власником земель, які належали до храму на території Києва. Поряд з тим Могилі не вдалося здійснити своїх планів щодо київської школи. Архімандрит намагався піднести її статус до рівня вищої школи на зразок Академії в Замості, але Владислав IV не дав на це згоди. Він дозволив Могилі лише відкривати руські школи. Могилянська колегія опинилася в небезпеці: як латинська школа, яка діє без згоди влади, вона могла бути ліквідована. Проте її засновник не переймався королівськими обмеженнями і не мав наміру змінювати західний характер школи .
Після закінчення засідань коронаційного сейму Печерський архімандрит вирушив назад до Києва. Однак його поява на Дніпрі не була простою справою. Ще рік тому він виїхав звідти як представник Копинського, а тепер повертався як його конкурент. Він побоювався протесту мешканців Києва, вірних старому митрополиту. До того ж, щоб зайняти місце Копинського, потрібно було отримати відповідні посвячення. У Києві зробити це не було можливості. Тому Могила мусив отримати посвяту в архієпископи ще до прибуття у Київ. Для цього був придатний Львів. Саме там знаходилася резиденція єдиного на той час легального православного єпископа, який виконував і обов’язки патріаршого намісника (екзарха). Мова йшла і про здобуття підтримки віруючих. У Львові діяло церковне братство, яке своїм існуванням завдячувало саме родині Могили, власне його батькові, володарю Молдавії. Члени братства відчували себе зобов’язаними визнати Петра Могилу як справжнього митрополита. Тому саме в братській церкві 28 квітня 1633 р. відбулося його висвячення, яке здійснив екзарх, єпископ львівський, Ярема Тисаровський разом з нелегальними владиками: хелмським, пінським і луцьким. Участь цих трьох ієрархів в урочистості — це ще один козир Могили. У Львові Могила мав успіх. На урочистість з нагоди його посвячення в митрополити прибуло багато духовних і світських осіб з православних, їх прибуття треба вважати виразом підтримки тим змінам, які відбулися в польській Православній Церкві після смерті Сигизмунда III. Залишалося лише бажати, щоб такий самий характер, як у Львові, мав би і в’їзд митрополита до Києва. Тому він зробив дещо, що могло йому в цьому сприяти. Одразу після посвячення Могила почав розсилати зі Львова по всій Русі, коронній і литовській, листи до одновірців з повідомленням про прийняття ним митрополитських функцій за згодою православної шляхти, патріарха та польського короля. Але з виїздом у Київ він не поспішав, очікував, мабуть, реакції православних на його листи. На Дніпро вирушив лише в кінці червня, після двомісячного перебування у Львові. Але навіть і тоді, коли вже пройшов певний час після його посвячення, митрополит Петро Могила ще не був повністю впевнений, як привітають його жителі Києва. На всяк випадок він хотів себе застрахувати, тому вже в дорозі він порозсилав листи до знайомої йому шляхти з проханням прибути до Києва на 17 липня, день його планованого приїзду. Щоб це не виглядало як скликання опозиції проти Копинського, Могила вигадав спеціальну причину, яка дозволяла йому зібрати шляхту, — посвячення кафедрального храму св. Софії. Але проблема була в тому, що православні ще не володіли офіційно цією святинею. Тому за той час, поки Печерський архімандрит встиг прибути до Києва, його соратники впоралися з цією проблемою. Під керівництвом осіб, пов’язаних з Лаврою і Могилянською школою, київські міщани, бояри, козаки та монастирські селяни відібрали в уніатів храм разом з трьома церквами-філіями.
Події, які відбулись у Києві, ставили митрополита у винятково вигідну ситуацію. Його прибуття було підготовлено фактом, який яскраво свідчив, що Печерський архімандрит під час своєї відсутності турбувався про інтереси всіх православних над Дніпром. З іншого боку, митрополит, спираючись на свою відсутність у Києві, міг виправдати захоплення уніатського майна і спричинені цим порушення громадського порядку. А православні, задоволені поверненням храму, мали прийняти свого нового пастиря ще з більшою радістю. Інший вигляд набув і супровід шляхти для прибуваючого до міста митрополита.
Він в’їхав до Києва в оточенні молдавської гвардії, шляхти і козаків.І якщо його прибуття було святом для місцевої Лаври та колегії, то для колишнього митрополита Копинського воно означало поразку. З цим фактом старцю, який знаходився в монастирі св. Михаїла, важко було погодитися. Він ще мав своїх прибічників, зокрема серед духовенства. Але перевага в Києві була вже на боці Могили. Новий митрополит намагався за будь-яку ціну примусити свого противника до покори. Перший удар вцілив у прибічників Копинського. Могила оголосив, що всі посвячення священиків, які здійснив колишній митрополит, є недійсними. Тепер він був у змозі заатакувати самого Копинського. За наказом архімандрита колишнього митрополита спіймали і привезли з Михайлівського монастиря до Лаври, де змусили його підписати акт зречення. Копії цього документа були розіслані по країні.
Новий Митрополит міг, нарешті, почуватися впевненіше. Він зайнявся справами наданого йому королем монастиря св. Миколая. Мешканці монастиря не бажали підкорятися митрополитові, тому він вирішив зайняти монастир силою. З цією метою зібрав кілька сотень озброєних людей і з їх допомогою зламав опір непокірних монахів. Подія ця виглядала як грабіжницький напад. Печерський архімандрит наказував бити монахів та ігумена до тих пір, поки вони не зізналися, де сховано монастирські гроші; найнепокірніших монахів Могила навіть вигнав з монастиря. Сам монастир був відданий під владу довіреної особи Петра Могили — Козловському. Особа нового ігумена була гарантом лояльності миколаївських законників щодо наступника Копинського. Успіхові цієї справи сприяла, напевно, і не найкраща репутація колишнього ігумена монастиря св. Миколая серед православних.
Скривджений екс-митрополит шукав допомоги у короля. В результаті його скарг Владислав IV в 1635—1636 роках двічі наказував Могилі повернути монастир св. Михаїла його попереднику, але безрезультатно. Король звернувся навіть по допомогу до київського воєводи Тишкевича, а на печерського архімандрита наклав грошове покарання за непідкорення його волі. Православний митрополит опинився в незручному становищі. Тому почав шукати нагоди, щоб якимось чином переконати Копинського, аби той облишив спроби зашкодити його авторитету. Відповідний для цього момент настав лише в 1637 році, коли обидва митрополити зустрілися в Луцьку. Могила продемонстрував бажання примирення, але тільки для того, щоб заманити противника до своєї резиденції і там примусити його зректися всіх претензій. Копинський зробив це під пресингом сили, але як тільки йому вдалося виїхати з Луцька, він послав скаргу на Могилу до володимирських міських книг і, крім цього, попросив допомоги у короля. Могила знову отримав наказ віддати зайнятий ним монастир. До Києва відправилася спеціальна комісія, яка мала завдання повернути Копинському монастир св. Михаїла. Мабуть, печерському архімандриту вдалося вирішити і цю проблему, тому що його противник вже ніколи не повернувся до цього монастиря. На користь Могили свідчить і той факт, що Кізаревич, якого Петро Могила призначив ігуменом монастиря св. Михаїла в 1635 році, цю функцію вже виконував, правда, дуже коротко, в 1631 році, і тому мав на монастир не менше прав, ніж Копинський.
Проте екс-митрополит, попри все, не мав наміру здаватися. Тому він поїхав на Полісся і звідти почав поширювати серед православних інформацію, яка зображувала його супротивника в негативному світлі. Значну підтримку він мав на Задніпрянщині серед вірних йому монахів. Власне їх він у 1638 році повідомив, що Могила, натомість за місце патріарха на Русі, підкорився Папі Римському і прийняв унію разом зі своєю Церквою. Ця інформація, хоча і неправдива, мала проте, деякі підстави. Діяльність Могили, спрямована на зміцнення його позицій як митрополита, сприяла підвищенню його авторитету і поваги і поза православним середовищем. Тому постійні спроби схилити православних до унії, зокрема за допомогою створення в Києві окремого патріархату, концентрувалися довкола його особи. Вже в 1635 році з такою ініціативою виступив волинський воєвода Олександр Сангушко, католик, але зв’язаний з православ’ям і з Могилою. За посередництвом пріора львівських домініканців Яна Дамасцена він висловив Римській курії свою готовність бути посередником у переговорах з православними. При цьому він зробив висновок, що православний митрополит Київський прихильний до унії і що за призначення йому посади патріарха буде готовий визнати владу Папи. Могила своєю поведінкою не давав підстав для таких висновків. Правда, він розіслав до братств копію універсалу Владислава IV від 5 вересня 1636 року, в якому були заклик до православних порозумітися з уніатами та пропозиція створення окремого патріархату в Києві, навіть більше, пропонував серйозно розглянути королівську пропозицію, на яку сам особисто відповіді не дав. Але саме через виголошення універсалу в церквах супротивник зміг оскаржити Київського митрополита у відступництві від православ’я. Це звинувачення не залишилося без наслідків. На звістку про так званий перехід Могили до унії, монахи з монастирів в Густині та Ладині, що знаходилися на землях Вишневецького, втекли до Росії. Намір втекти мали і законники монастиря в Лубнах. Але місцевий ігумен Калі страт був людиною обережною. Тому до того, як прийняти рішення, він подався до Києва, щоб упевнитися в тому, чи фактично печерський архімандрит став уніатом. Цей візит до Києва переконав ігумена у неправдивості інформації, поширюваної Копинським. Калістрат остаточно розірвав стосунки з колишнім митрополитом і залишився в країні, переходячи на бік Петра Могили.
Втеча задніпрянських монахів не сподобалась Київському митрополиту, бо підривала довіру до нього серед віруючих. З іншого боку, навіть з цієї ситуації Могила мав певну користь: так був ліквідований останній осередок спрямованої проти нього опозиції. Копинський втратив всі точки опори. Разом з тим фактично перестала існувати автономна сіверська парафія, якою керував з волі короля нелегальний православний митрополит. Вірний Могилі лубенський ігумен послав частину своїх монахів до покинутого монастиря в Густині. Печерський архімандрит постарався на майбутнє вберегти цей монастир від впливу ворожої йому пропаганди, тому прислав туди свого ігумена, який до того був законником у Київській Лаврі. Як видно, він не довіряв монахам, зупиненим в останній хвилі від втечі до Росії. Тому, не зупиняючись на скеруванні ігумена, незабаром сам приїхав до Густина.
Втеча монахів у 1638 році була останнім свідченням існування в тогочасній польській Православній Церкві опозиції, яка підтримувала Копинського. Пізніше про колишнього митрополита вже не чули. Збереглося лише повідомлення про його смерть у 1640 році в Печерському монастирі. Цей факт має своє значення. Важко було б припустити, щоб екс-митрополит добровільно здався на милість і немилість свого тогочасного ворога. Мабуть, Могила наказав доставити його у Київ силою. Тут, під суворим контролем, він вже не мав змоги зашкодити своєму конкуренту.
Копинський був не єдиною людиною, яка ускладнювала сину молдавського господаря керування Православною Церквою в Речі Посполитій. Незалежно від сіверського єпископа в опозиції до нового митрополита була і православна шляхта перемиської землі. Причиною непорозумінь стали вибори місцевого православного владики. Коли Владислав IV у 1633 році дав дозвіл на утворення православної перемиської парафії, місцева шляхта на посаду єпископа обрала свого земляка Яна Попеля, якого затвердив і король. Проте проти Попеля виступив митрополит, який, посилаючись на канонічні правила, визнав, що він не має права обіймати цю посаду. Попель був одружений вдруге, що згідно з церковним правом було перешкодою для виконання ним будь-яких духовних функцій. При цьому Могила хотів, щоб перемиська кафедра мала єпископа. Тому він наполіг на повторних виборах владики, а кандидатом обрав собі Симона Гулевича-Воютинського, шляхтича з Волині. Нове призначення відбулося лише завдяки підтримці духовенства. Тоді як шляхта продовжувала підтримувати Попеля, який мав офіційне призначення короля.
Незважаючи на рішучий опір митрополита, Попель не хотів відмовитися від своїх прав на єпископську кафедру. Коли йому не вдалося дійти до порозуміння з Могилою, він звернувся до патріарха в Константинополі. Коли б там у той час правив Кирило Лукарис, прихильний до сина молдавського господаря, то ці домагання були б, мабуть, безрезультатними. Але на патріаршому троні стався переворот: звинуваченого у прокальвіністських симпатіях Лукариса замінено було на Атаназія Пателяріоса. Новий патріарх зігнорував положення канонічного права і затвердив Попеля на посаді єпископа, який і приступив до виконання своїх обов’язків. Він почав із скликання парафіяльного синоду та збору грошей від духовенства. Це викликало реакцію Київського митрополита. Могила, розгніваний втручанням патріарха у справи його митрополії, оголосив узурпатором не тільки перемиського єпископа, а й самого патріарха Атаназія. А для того, щоб навести порядок у перемиській парафії, послав туди свого намісника.
Непохитна позиція митрополита спричинилася до того, що в 1635 році Попель відчув себе змушеним віддати свою посаду Воютинському. Друге одруження зашкодило не тільки кандидатові на єпископа, бо Могила почав дуже ретельно перевіряти дотримання канонічних правил стосовно до всіх православних священиків, навіть звичайних попів. Він забороняв двічі одруженим священикам виконувати їх функції. Це загрожувало декому втратою єдиного джерела утримання. Митрополит міг побоюватись непокори незадоволених попів. Щоб цьому запобігти, він наказав, що священики, які будуть позбавлені своїх посад через друге одруження, можуть зберегти право отримувати належну їм платню, якщо знайдуть собі заступників, котрі візьмуть на себе їх обов’язки священика.
Одним з чинників, який зумовив боротьбу Могили з «двоєженством», була, мабуть, думка представників Католицького Костела з цього питання. Вони закидали православним, що ті не дотримуються канонічних законів, обирають на посади священиків невідповідних осіб, впадають у єресь. Новий православний митрополит старався змінити дотеперішню ситуацію. Прагнув навести порядок у керованій ним Церкві і не дати іншим підстав критикувати православ’я. Прагнув повернути належний йому авторитет. Цьому мала слугувати централізація влади в Церкві.
Наведення порядку в Церкві Київський митрополит почав з власної парафії. Особливо турбував його моральний стан нижчого духовенства. Щоб вилучити з цього середовища випадкових людей, які не відповідають вимогам, наказав провести ревізію посвячень священиків. Кожна духовна особа мала довести своїм начальникам, що посвячення відбулося згідно з правилами Православної Церкви. Це мало відбутися під час парафіяльних синодів у Києві. Не задовольняючись цією формою контролю духовенства у митрополії, Петро Могила приступив до створення багатоступеневої ієрархічної структури в Церкві. Найнижчий щабель цієї структури мали становити парафії. Кілька сусідніх парафій утворювали протопопію. Протопопи були під контролем спеціальних визитерів, обраних серед законного духовенства. Ще вище в церковній ієрархії стояли намісники, які безпосередньо були підпорядковані митрополиту. Могила призначив двох постійних намісників: для польської та литовської частини своєї парафії. Один з них від імені митрополита розпочав судовий процес проти ігумена монастиря в Кронську за самовільний продаж частини монастирської землі. Залежно від потреб, могли бути призначені намісники для виконання спеціальних розпоряджень керівника Церкви. Такий намісник був призначений для передачі православним церкви в Бельську Підляському в 1633 році. Призначений митрополитом спеціальний намісник виконував також функції православного перемиського єпископа до 1635 року. Перевірку своєї парафії і церковної провінції час від часу проводив сам Могила. Одну таку перевірку він провів у 1635 році, повертаючись з Вільно з похорону мстиславського єпископа Юзефа Бобриковича. Тоді він відвідав Мінськ, Кутеїн та Могилів. Знаменним своїми наслідками був візит православного митрополита до Мінська в червні 1635 року. Місцеві православні, використовуючи присутність свого пастиря, насмілились виступити проти уніатів. У нападі на будинок місцевого греко-католицького ксьондза брали участь і слуги Могили. За ксьондза вступився уніатський митрополит, на той час присутній у Мінську. Він звернувся через посланців до православного ієрарха з проханням справедливого розгляду справи. Могила обіцяв розглянути це питання. Однак, коли ксьондз з’явився перед ним, він почув з уст присутніх на аудієнції світських та духовних православних осіб лише кпини, тому, принижений, мусив покинути це зібрання.
Стовпом православ’я в Речі Посполитій після 1596 року залишалися монастирі і церковні братства, що встояли під натиском уніатських владик. Проте цей факт був причиною того, що як братства, так і монастирі, неохоче погоджувались визнати керівництво новопризначених православних єпископів. Ця ситуація суперечила концепції впорядкування Церкви, яку прагнув реалізувати Могила. Православний митрополит намагався чітко підпорядкувати собі не лише монастирські осередки, а й світські релігійні організації. З цією метою він хотів забрати у сторонніх осіб право патронату над окремими монастирями. Наприклад, користуючись тим, що юридичним опікуном жіночого монастиря св. Флора у Києві був законник Печерської Лаври, Могила постарався, як Печерський архімандрит, отримати право опіки над Флорівським монастирем. У 1634 році митрополит розпорядився про безпосереднє підпорядкування йому церковного братства в Бельську Підляському. Таким самим способом, надаючи 13 вересня 1636 року право відкрити братство і монастир у Кременці, він вирішив, що обидві установи мають підпорядковуватись лише йому, патріаршому екзарху, і що жоден інший єпископ не може поширювати на них своєї влади. Могила не зважав навіть на те, що Кременець знаходився на території луцького православного єпископату.
Використовуючи визнані за ним права митрополита і патріаршого екзарха, Могила прагнув зосередити у своїх руках максимум церковної влади. Це видно на прикладі його ставлення до церковних братств, які на той час поділялися на ставропігійні та неставропігійні. Ці перші, теоретично підпорядковуючись лише патріарху, фактично повністю були незалежні від церковної ієрархії. Могила хотів цю ситуацію змінити. Для цього він використав свої права екзарха, завдяки яким на території своєї церковної провінції він фактично дорівнював патріарху, тому що мав, як номінальний заступник патріарха, право на керівництво ставропігійними братствами. Ці братства спершу мали діяти як інститути, що контролюють діяльність залежної від Константинополя локальної Церкви в Речі Посполитій. Могила намагався, щоб ці братства дозволили йому створити осередок впливу на окремі парафії, але не з метою контролю за їх покірністю щодо патріархів, а щоб тісніше злучити їх з Києвом. Тому він готовий був навіть збільшити чисельність ставропігійних братств. Наприклад, у 1635 році він погодився визнати Могилянське братство, що відроджувалось, як ставропігійне. При цьому він пильнував, щоб вплив братства не поширювався надто далеко. Особливо неохоче він дивився на те, що братства приймали на себе опіку над монастирями. Отже, коли в 1634 році Могила затверджував вибраного могилянським братством архімандрита братського монастиря, він наказав, щоб на майбутнє вони не насмілювались вибирати своїх керівників без відома митрополита-екзарха. Дійсно, братство підкорилося його волі так, як він того вимагав, бо коли в 1639 році в могилянському монастирі не стало архімандрита, члени братства надіслали до Могили прохання, щоб той дозволив їм обирати для свого монастиря не архімандрита, а старшого, на трирічний строк. Не маючи свого кандидата, довірили митрополиту зробити власний вибір.
Могила в стосунках з ставропігійними братствами демонстрував особливу наполегливість у зміцненні своїх прав екзарха. Передусім він старався обмежити вплив братств на вибори єпископів. Це досить яскраво продемонстрували вибори львівського владики в 1641 році. Тоді братство, без відома митрополита, призначило на це місце Андрія Желіборського. Могила був незадоволений не особою електа, а тим, що вибори відбулися без відома головної особи польської Православної Церкви і без єпископської кафедри. Тому були проведені нові вибори, тим разом у Львові, в кафедральній церкві і у присутності митрополита. Новим львівським єпископом став таки Желіборський, раніше обраний членами братства.
Митрополит, хоча і вважався опікуном ставропігійних братств, не завжди зважав на їх інтереси. Особливо скривдив він львівське братство. У 1639 р. Могила дозволив Михайлові Сльозці відкрити друкарню при братстві, наслідком чого став судовий процес між братством та Сльозкою. Заборона друкування релігійних книжок без згоди митрополита, видана в 1637 році, звичайно, не могла викликати схвалення братств. Незважаючи на неї, львівське братство самовільно видало «Служебник», на що митрополит Петро Могила розіслав по всій країні листи, в яких заборонялося купувати та використовувати в церквах книжки, видруковані без його згоди у львівській друкарні. Він скористався навіть скликаним у Києві в 1640 році синодом для того, щоб публічно звинуватити львівське братство в порушенні субординації та підтвердити заборону купування виданих ним книжок.
Київський синод прийняв постанову про те, що церковні братства мають бути незалежними від єпископів і підкорятися лише митрополиту, як патріаршому екзарху. До 1640 року Могила міг керувати лише ставропігійними братствами, а з числа інших братств тільки тими, які знаходилися в київській парафії. Але з 1640 року статус православних братств, що діяли в Речі Посполитій, був урівнений: всі братства, як ставропігійні, так і неставропігійні, стали організаціями, безпосередньо підпорядкованими керівнику київської Церкви.
Реорганізуючи керовану ним Церкву, Могила не полишав турбот і про свою школу. З осені 1632 року вона діяла при київському братському монастирі Богоявлення Господнього. Засновник колегії не зупинився на створенні лише одного освітнього закладу, заснував також православну школу у Вінниці, яка почала працювати вже в 1633 році. Відкриття цієї школи принесло йому багато неприємностей. У Вінниці вже існувала ієзуїтська колегія, тому дійшло до конфлікту між обома школами. Атакуючою стороною стала православна молодь, яка вчиняла напади на вихованців католицької школи. У результаті скарг і єзуїтів Владислав IV в 1634 році наказав православному митрополитові ліквідувати латинські школи у Вінниці та Києві і опікуватися лише руськими школами. Проте митрополит не підкорився королівському наказу, а замість цього почав шукати можливостей, щоб змінити його. Метою цього став візит Могили до Варшави в період роботи сейму в березні 1635 року. Наслідком дій Могили стала згода короля на вивчення латинської мови в православних школах Києва і Вільно, але лише до рівня діалектики та риторики включно. Отже, Могила не отримав дозволу на відкриття теологічних класів, завдяки чому його колегія могла стати вищою школою. Але православна середня латинська школа в Києві тепер могла працювати без перешкод.
Гірше було з вінницькою школою, про яку король не згадав у своєму привілеї. Щоправда, вона функціонувала і після 1635 року, але, як тільки трапилася нагода, Могила постарався перенести її у більш безпечне місце, де можна було уникнути конфлікту з і єзуїтами. Допомогла цьому Регіна Соломерецька, котра вирішила в 1639 році відкрити у себе в маєтку Гоща на Волині православну школу і звернулася з цією справою до митрополита. Той і наказав перенести до Гощі вінницьку колегію.
Могила прагнув створити свої школи і в Молдавії та Росії. В 1640 році він послав колишнього ректора Київської колегії з декількома учнями в Яси. Одночасно звернувся до царя з проханням відкрити у Москві філію Київської колегії.
Перебування Могили у Варшаві в 1635 році принесло йому, крім згоди на існування шкіл, і дозвіл на уніатський Видубицький монастир у Києві. І в наступних роках православний митрополит намагався бути присутнім у столиці під час проведення там сеймів, роблячи спроби спільно з іншими представниками своєї Церкви змусити владні кола Польщі виконувати постанови, які були затверджені на сеймі 1635 року в «Пунктах задоволення громадян грецької релігії». Ці дії полягали передусім у «докучанні послам», щоб ті змусили парламент виконати вимоги православних. Кожен візит Могили до Варшави коштував значних сум, які він намагався покрити з фондів церковних братств. Грошей просив Могила, між іншим, у могильовського та мінського братств.
Могила потребував грошей не тільки на підкуп впливових осіб у Варшаві. Його видатки збільшувала і здійснювана ним реставрація київських церков: св. Софії, Спасителя, св. Василія, Богородиці в Лаврі та Видубицького монастиря. Оновлення цих святинь — це один із зовнішніх проявів відродження Православної Церкви в Речі Посполитій. При цьому зростав і авторитет керівника цієї Церкви. Починаючи реставраційні роботи з широким розмахом, Могила не обмежувався тільки засобами фінансування, які мала Православна Церква. Коли коштів цієї Церкви забракло, він звернувся з проханням про підтримку до владних структур Росії.
Цар Михайло Федорович ще в 1628 році, коли Могила був лише архімандритом, вручив йому документ, яким дозволяв печерським монахам раз у п’ять-шість років приїжджати до Москви по милостиню. Цим дозволом скористався митрополит лише в 1640 році. Зробити цього раніше він не міг, по-перше, через польсько-російську війну 1632—1634 років, а, по-друге, через заворушення, які мали місце на Задніпрянщині в 1637—1638 рр. Лише тоді, коли стосунки між обома державами нормалізувалися, дійшло до ближчих контактів між Києвом та Москвою. У 1640 році митрополит Петро Могила відправив до Росії делегатів не лише з Лаври, а й з монастирів св. Миколая, Богоявлення та Видубицького, а також з кафедральної церкви св. Софії. Цар щедро обдарував прибульців. Таке ж посольство Могила відправив і в 1646 році, але вже і зі своїми листами та дарами; тим разом до царя Олексія Михайловича. Воно теж повернулося не з порожніми руками.
Окрему ділянку інтересів митрополита Петра Могили становила видавнича діяльність, яка поєднувалась з його стараннями уніфікувати літургію і поновити контроль за ортодоксальністю православних основ віри, яку несли православні священики. З цією метою митрополит перетворив київську друкарню в Лаврі в головний видавничий центр, з якого вийшли, між іншим, збірники для вивчення Євангелії («Учительное Евангелие», 1637 р.), тексти літургій («Служебник», 1639 р.), збірник молитов, або полуустав (1643 р.) та житія святих і описи чудес (т. зв. Сборники Косова і Афтаназія Кальнофійського). Часто передмови для книжок, що видавалися, писав сам митрополит. Він почав укладати православний катехизм. Запропонований ним текст став предметом засідань синоду в Києві у вересні 1640 року. Катехизм отримав схвалення не тільки учасників цього синоду, але, після деяких поправок, був прийнятий православними патріархами на синоді у Ясах в 1643 році. Але через нестабільність Константинопольської церкви він не міг бути виданий за життя Могили. Натомість митрополит постарався видати в 1643 році в друкарні Лаври його скорочену версію під назвою: «Зібрання короткої науки про статті віри православно-католицької християнської, як вчить Апостольська Церква». Повний текст катехизму, визнаного в майбутньому за символічну книгу Православної Церкви, був виданий лише в 1667 році в Амстердамі у грецькому перекладі.
З ініціативи митрополита Петра Могили і, напевно, під його керівництвом була написана і видана в 1644 році детальна відповідь на книжку Кас’яна Саковича «Epanorthosis, або перспектива і виявлення помилок, єресі в грецькій деуніатській церкві...»(Краків, 1642), яка заатакувала православ’я. Ця відповідь під назвою «Litos, або камінь з пращі правди святої церкви...» відкидала звинувачення Православної Церкви в тому, що в ній ніби поширюється кальвінізм, підкреслювала лояльність цієї Церкви щодо Речі Посполитої. В основі своїй ця праця була позбавлена полемічних акцентів щодо Римо-католицької Церкви, робила сильний наголос на незалежності Церкви від Папи Римського.
Останньою значимою справою Київського митрополита було зібрання та видання в 1646 році нових літургічних правил, тобто «Енхологіон, або ж Требник». За своїм задумом ця праця мала бути точним відповідником католицького латинського ритуалу, з якого була взята і сама схема «Требника», а також деякі тексти молитов. Таким чином, митрополит старався, щоб його Церква була не гіршою від Католицького Костелу з точки зору догматики та обрядовості.
Діяльність Київського митрополита, спрямована на інтеграцію та зміцнення Православної Церкви в Речі Посполитій, знаходилася під старанним спостереженням католиків. Чим більший авторитет мав Петро Могила серед одновірців, тим більше було домагань з боку католиків схилити його до ідеї церковної унії. Особливо прагнули цього уніати, сподіваючись, що разом з переходом до унії православного митрополита легше буде переконати об’єднатися з Уніатською Церквою і решту православних вірних у Речі Посполитій.