Символічним і дещо навіть поспішним стало твердження знаменитого історика Києва М. В. Закревського, який вважав, що доля Десятинної церкви складеться щасливіше, ніж її знаменитої попередниці: "Тепер мы не опасаемся уже услышать в Киеве клик воинов и ржание вражеских коней… Древний Киев, как почтённый и святой старец, спокойно отдыхает в семье могучих сынов своих, городов русских".

Пророчими і заспокійливими ці слова не стали для відродженого Десятинного храму. Нова орда, тепер уже більшовиків-безбожників, увірвалась до Києва і поступово крок за кроком довго підбиралась до всіх святинь православного Києва, в тому числі і до Десятинного храму. Марно сподівались дослідники, любитилі київських старожитностей, чинити опір новоявленим "радєтєлям народа". Спочатку храм планували включити до визначних пам`яток і оголосити в числі об`єктів державного історико-культурного заповідника під назвою "Київський Акрополь". 

В Десятинній церкві планувалось розмістити експозицію музею. Проте вже в 1929 році з`явилися і інші плани використання пам`ятки - Київський окрвиконком пропонував перебудувати її під клуб войовничих безвірників. Пам`яткоохоронці опротестували подібні плани використання Десятинної церкви. Їх позицію взяв до уваги секретаріат ВУЦВК, який 19 вересня 1929 року ухвалив передати церкву у відання Київської крайової інспектури. Але на охорону церкви та її музеєфікацію не знайшли коштів. Тоді відомий дослідник і пам`яткознавець Федір Ернст 25 вересня 1929 року звернувся до Укрнауки з листом про недоцільність термінового вилучення Десятинної церкви з користування релігійної громади. 

Однак 2 жовтня 1929 року церкву все ж таки закрили і в ній, через відсутність коштів, музею так і не створили. Занепокоєні пошуком цегли для будівництва шкіл, промислових і житлових об`єктів, секретар Київського міському партії Салов та голова міськради Петрушанський 14 березня 1936 року звернулися до Політбюро ЦК КП(б)У з проханням санкціонувати знесення Володимирського собору та Десятинної церкви. "За генеральним планом реконструкції міста Києва, затвердженим ЦК КП(б)У, - писали вони, - Володимирський собор і Десятинна церква намічені до знесення, як об`єкти які не мають великої історичної цінності, - тому міськом КП(б)У і міськрада прохають дозволити приступити до розібрання зазначених церковних будівель". 

Вже в березні 1936 року президія міськради винесла рішення про знесення Десятинної, а заодно і Покровської церков. Єдине, що вдалося добитися пам`ятко-охоронцям - рішення політбюро ЦК КП(б)У від 4 травня 1936 року про порятунок архівних матеріалів, які знаходилися в приміщенні Десятинної церкви. Їх передали до Софійського архітектурно-історичного музею. 

Володимирський собор вцілів. Просто до нього не дійшла черга, яку ініціювали Салов та Петрушанський. Десятинної церкви того зловісного 1936 року, як і більшості київських храмів і святинь, не стало.

Після того як Десятинний храм знищили, прийшла знову археологічна експедиція під керівництвом М. К. Каргера в 1938-1939 рр. Ці дослідження дали для археологів вичерпно повну картину про фундаменти старої Володимирової церкви. Дослідники взялися за реконструкцію зовнішнього вигляду старого храму, але тепер вже тільки на папері.

Так спроби реконструкції були у М. В. Холостенка, американського дослідника К. Конанта, А, Реутова, Ю. С. Асєєва. Їхніми працями, щодо зовнішнього вигляду Десятинної церкви не слід нехтувати. Після повоєнних археологічних експедицій фундаменти церкви законсервували, відродивши їх контури і влаштувавши деталі стародавнього фундаменту під склом. 

Людські кістяки, яких чимало віднайшли археологи, було складено у братську могилу і зроблено в радянські часи хоч одну добру справу - над їх останками поставлено пам`ятний хрест з написом: "Єдину чашу смертну пиша вси вкупе мертви лежаща" і "Братська могила захисників Києва, які загинули у 1240 році під час навали Батия".