Подальша історія Десятинної церкви великої і пребагато оздобленої дуже сумна. Ще року 1017, під час великої пожежі в Києві Десятинний храм горів. Але після цього князь Ярослав Мудрий його відбудував і ще більш прикрасив та оточив із трьох боків галереями. Нещадною для церкви стала друга половина ХІІ століття, коли року 1169 військо суздальського князя Андрія Боголюбського плюндрувало Київ: "Узятий же був Київ місяця березня у дванадцятий (день), у середу другої неділі посту. І грабували вони два дні увесь город - Подолля, і Гору, і монастирі, і Софію, і Десятинну Богородицю… І взяли вони майна безліч, і церкви оголили од ікон, і книг, і риз, і дзвони познімали всі (ці) смольняни, і суздальці, і чернігівці…". 
Деякі дослідники вважають, що церква постраждала ще раз під час міжкнязівських міжусобиць і боротьбу за київський князівський престол. Так в 1203 році Десятинний храм пограбував князь Рюрик Ростиславич, який позабирав з київських храмів "кресты честные, и сосуды священные, и книги, и порты (одяг) блаженныхъ первыхъ князей еже бяху повешали въ церквахъ святыхъ на память о себе" і митрополію та Десятинний храм розорив. Данних про таку подію в нашому Київському Літопису не знаходимо, натомість читаємо про це в Суздальському Літописі. 
Величний Володимирів храм став останнім бастіоном опору киян навалі орд хана Батия. Воєвода Дмитро мужньо обороняв церкву, де замкнулись, шукаючи захисту, сотні киян: "А назавтра прийшли (татари) на них, і була битва межи ними велика. Люди тим часом вибігли і на церкву, і на склепіння церковне з пожитками своїми, (і) од тягара повалилися з ними стіни церковні і так укріплення було взяте (татарськими) воями. Дмитра ж вивели (до Батия), пораненого, але вони не вбили його через мужність його". Так загинули останні герої-захисники Києва: "Єдину чашу смертну пиша вси вкупе мертви лежаща".
Дослідники зазначають, що подібного рівня руйнувань Київ не знав за свою багатовікову історію, хоч під час внутрішніх війн 1169 і 1203 рр. за свідченням літописців також горіли храми, і боярські хороми, і кліті простолюдинів, грабувалося церковне майно, захоплювалися у полон його мешканці. Але наслідки татарського погрому 1240 року стали катастрофічними для Києва. Звичайно, ординці не ставили собі за мету марнувати час та сили на знищення кам`яних споруд, яких в Києві могло бути півсотні, а керувалися більш практичними мотивами - пограбуванням міста, поневоленням його мешканців. Але в пожежах, що охопили Київ під час штурму, поряд із дерев`яними будівлями горіли і кам`яні храми - від нестерпного жару їх стіни, склепіння, бані тріскалися, розколювалися. Для ремонту більшості пошкоджених церков вціліле населення не мало ні коштів, ні можливостей. Перепади температур, опади, сонце та вітер довершували розпочату татаро-монголами справу. 
Минали цілі століття…